Події S.T.A.L.K.E.R.: Поклик Прип'яті розгортаються після вимкнення «Випалювача мізків», що відкрило шлях до центру Зони. Український уряд запускає військову операцію «Фарватер», але всі розвідувальні гелікоптери загадково зазнають краху. Майор СБУ Олександр Дегтярьов, колишній сталкер, відправляється в Зону, щоб розслідувати причини аварій та знайти зниклі гелікоптери.