Через два роки після доленосної подорожі Юни, щоб перемогти Гріх, колись хаотичний світ Спіри зазнав значних змін, вступивши в період "Вічного Спокою". Тепер жителі Спіри цураються вчення Євона і розкрили обійми своїм колишнім ворогам, Аль-Бедам, і використовують махіну. Фракція машин прагне поширювати використання мачіни в Спірі, навіть перейменувавши "мачіну" на "машини", щоб позбутися стигматизації. Однак навіть у мирному житті, яким вони живуть зараз, у серці Юни є порожнеча, яка заважає їй рухатися далі, як це роблять інші. Одного дня Юна отримує містичну сферу, яка містить зображення того, хто міг би бути гравцем у бліцбол, який, як вона думала, зник назавжди. Хоча Юна не впевнена, що це він, і чи він взагалі живий, вона прагне знайти його. Юна потребує завершення їхньої несподіваної розлуки, хоча б для того, щоб дізнатися, що вона більше ніколи його не побачить. Так починається її подорож...